ご返事ありがとうございました。アドバイス通りに何とか初期の状態へ戻して無事解決しました。

すべて削除してから再度MMSをMms.apk.froyo.htc.jakeModExperimental4にして見るとメールが消えることはなくなりました。ダウングレードをした時によけいなものが残っていたのかもしれません。HTC Desireの本体にも
問題がありました。

前回はHandcent SMSでのスマートフォン通信料金が発生しましたが、今回はMMSの通信料金となりました。